root este contul de administrator de pe sistemele de operare tip UNIX. In general nu prea are restrictii impuse.
In modul in care l-ai vazut utilizat, face referire la a avea/capata (probabil ilegal) acces la acest cont, pe un computer. Din moment ce acest cont nu are restrictii, poate fi utilizat pentru activitatile distructive, gen flood.
PuTTY este un client SSH/Telnet/Rlogin/Serial/Raw, dezvoltat initial pentru Windows, deoarece Windows nu dispune de un client SSH propriu.